PCR VIZSGÁLATOK
A PCR (polimeráz láncreakció) egy gyors és megbízható módszer, amely lehetővé teszi a kórokozók (baktériumok, vírusok és paraziták) genetikai anyagának kimutatását már a betegség korai szakaszában. A PCR egyik legnagyobb előnye, hogy az eredmény sokkal gyorsabban rendelkezésre áll, mint a bakteriális vagy vírustenyésztés során. Ezen kívül a PCR a pozitív mintát jóval hamarabb észleli, mint a szerológiai vizsgálat, amely az antitestek jelenlétét méri a vérben.
A Poulpharm által kínált PCR technikák a következők:
- Hagyományos PCR
- Minőségi valós idejű PCR
- Kvantitatív valós idejű PCR
- Sorrendezés
A Poulpharm a valós idejű PCR technikák mellett házon belüli PCR vizsgálatokat is kínál a leggyakoribb kórokozók számára. Ezek közé tartozik az Eimeria spp. relatív mennyiségi meghatározása csirkékben és pulykákban, valamint a Histomonas meleagridis kimutatása különböző mátrixokban.
Az Eimeria spp. relatív mennyiségi meghatározásához két PCR vizsgálatot kínálunk:
- qPCR Cox differenciálás: Ez az elemzés a különböző Eimeria spp. relatív mennyiségi meghatározására szolgál csirkékhez vagy pulykákhoz. A vizsgálat teljes folyamata legalább egy hetet vesz igénybe, és jellemzően oltóanyagok hatékonyságának értékelésére alkalmazzák. A qPCR kimutatási határa 40 oociszta/gramm ürülék.
- Multiplex qPCR Cox differenciálás: Ez az elemzés szintén a különböző Eimeria spp. relatív mennyiségi meghatározására szolgál csirkékhez. Az eredmények már a minta beérkezését követő napon rendelkezésre állnak, és közvetlenül a székletanyagon végezhetők el. Ennek a multiplex qPCR-nek a kimutatási határa 40-1000 oociszta/gramm ürülék között változik, lehetővé téve a különböző Eimeria fajok precíz meghatározását.
HAGYOMÁNYOS PCR
A hagyományos PCR során a genetikai anyagot megsokszorozzák, majd gél-elektroforézis segítségével teszik láthatóvá. Az eljárás során hozzáadott alappárok segítségével a genetikai anyag mérete meghatározható. Ezt a módszert nemcsak a kórokozók kimutatására, hanem REP-PCR alkalmazásával a baktériumok jellemzésére is használják, lehetővé téve a vad típusú törzsek megkülönböztetését a vakcinatörzsektől.
MINŐSÉGI VALÓS idejű PCR
A kvalitatív valós idejű PCR a kórokozóból származó genetikai anyag jelenlétét vizsgálja. Az eredményeket egy számérték vagy ciklusküszöbérték (Ct érték) képviseli. Minél kisebb a Ct érték, annál magasabb a kórokozó koncentrációja a mintában.
Amennyiben PCR-inhibitorok jelenléte gátolja a vizsgálatot, és így a kórokozó jelenléte nem igazolható, akkor egy második PCR-t kell végezni. Ha a második teszt is ugyanazt az eredményt hozza, új mintavétel szükséges.
MENNYISÉGI VALÓS idejű PCR
A kvantitatív valós idejű PCR hasonlóan a kvalitatív valós idejű PCR-hez, a kórokozóból származó genetikai anyag jelenlétét vizsgálja, azonban a kórokozó mennyiségét egy standard görbe segítségével pontosan meghatározza. Az eredményeket a kópiák számában fejezzük ki, milliliterenként (kópia/ml).
Szekvenálás
A szekvenálás során a baktériumok, vírusok vagy paraziták genetikai anyagának szekvenciáját határozzák meg. A szekvenciák elemzésével megkülönböztethetők a vad típusú törzsek a vakcinatörzsektől, vagy akár azonosíthatók a genetikai anyagban bekövetkezett mutációk. Emellett a szekvenálás lehetőséget biztosít filogenetikai profilok létrehozására, amelyek segíthetnek a kórokozók evolúciós kapcsolataik megértésében, illetve járványok nyomonkövetésében.